目前甲鱼养殖基本上是高密度高产出的集约化养殖，池塘载鱼量大，水环境比较差，池塘水体中的氨氮含量偏高而引起的相关疾病也经常出现，因此有必要认真分析氨氮是怎样产生的，以及如何降低氨氮在水中的含量。
一、氨氮的主要来源
１、含氮有机物分解产生氨态氮。在甲鱼池塘中，投喂的甲鱼配合饲料、冰鲜鱼、螺肉等饲料的残渣以及死亡的甲鱼和其它野杂鱼的尸体都可以分解产生氨氮。
２、水中缺氧时，含氮有机物被反硝化细菌还原而产生氨态氮。反硝化作用的重要条件是厌氧环境，当甲鱼池水体呈富营养化时，水中溶氧很低，温度又比较高时，反硝化微生物如梭状芽孢杆菌等会将水中的硝酸还原为亚硝酸和氨。
３、甲鱼、搭养的其它鱼类以及野杂鱼的代谢产物一般以非离子氨的形式排出，从而引起水体中氨态氮的上升。
二、氨氮的危害
在集约化养殖的甲鱼池塘中，如果不能及时换水，日常管理稍有疏忽，极易造成水中溶解氧过低而氨氮过高，从而影响甲鱼的生长，甚至生病死亡。这主要是由于甲鱼除行肺呼吸外，在水中仍利用其富有毛细血管的口咽粘膜、腹甲皮层和泄殖腔的内壁与水体交换氧气和二氧化碳。当水体中甲鱼和其它水生动物排泄物、残饵以及有机碎屑的不断氧化分解，致使氨的含量增加，并且ｐＨ值又比较高时，离子铵向非离子氨的方向转化率高，非离子氨成倍增加，于是氨被亚硝化细菌氧化成亚硝酸，此时硝化细菌由于氨的急剧增多而受到抑制，使亚硝酸不能被进一步氧化成硝酸，从而导致亚硝酸盐的大量积累。而亚硝酸盐是强氧化剂，被甲鱼吸收后进入血液使血红蛋白中的二价铁氧化成三价铁，导致低氧血症，使各组织缺氧，各脏器逐渐发生病变、坏死而引起甲鱼大批量死亡。
经过几年来的甲鱼养殖，笔者发现甲鱼对氨氮的耐受力要求是小于０·４毫克／升，当水中氨氮大于０·６毫克／升时，若不及时采取措施，甲鱼则会逐渐出现腐皮、穿孔，进而发展为白底板、水肿、气肿等病而引起大规模的爆发性死亡。２０００年７月广州市番禺一个体甲鱼养殖场就出现了此种情况，开始每天死亡几十只，后来发展到每天几百只，待其拿来病甲鱼和水样给笔者诊治时，这个塘已累计死亡甲鱼４０００—５０００只，经测水样，氨氮达到１·５毫克／升，亚硝酸盐０·３毫克／升。当然，甲鱼的生病死亡有其复杂原因，但不能不说池塘水质中氨氮过高是甲鱼的一个重要致病因素。
三、有效降低氨氮的对策
１、每次干塘后，往池底泼洒复合光合细菌和活性酵素等生物制剂，并用耙子耙松底泥，然后加水到１０厘米，使底泥中的有机废物被充分吸收和转化。
２、饲料行水上投喂，饲料团沾一点点水，并用３—５个钉固定住，防止被甲鱼推落水中，并且投喂的饲料应严格控制在２—３个小时内吃完。每天坚持观察甲鱼摄食情况并做好记录，及时增减饲料量，尽可能地把剩料以及散失的饲料控制在最低限度。
３、当夏季来临温度偏高时，在池塘的进水口处或食台旁用竹固定水葫芦或水浮莲等水生漂浮植物，但数量不能太多，当生长过密或有死亡植株时要及时捞出，使其保持一定数量，达到净化水质的目的，同时又可以为甲鱼提供阴凉避暑的场所，达到局部降温的目的。
４、由于目前普遍存在水源水质不良的状况，笔者提倡使用足够面积的沉淀池，水体经沉淀消毒处理后再进入甲鱼池。并且池塘要定期冲水、换水，保证水中有充足的溶氧，以利于甲鱼正常呼吸和加速含氮等有机物的氧化分解。
５、在池塘中搭养鳙鱼、鲢鱼、本地塘虱等鱼类，充分利用水中散失的甲鱼饲料和其它有机物质，从而起到调节水质的作用，并且又可以增加经济效益。
６、及时清理池塘中的病死甲鱼以及其它鱼类的尸体，池塘下风口处漂浮的死亡藻类等有机碎屑也要及时清除。
７、使用的饲料板既能使甲鱼正常摄食，又不致于饲料被轻易推入水中。
８、定期用底保净等物理吸附剂（２０ｐｐｍ）泼洒池周边和投饵区，降解水中氨氮、硫化氢等有毒物质增加溶解氧含量，稳定水质。